Заболевание клещевым энцефалитом можно предупредить с помощью неспецифической и специфической профилактики.
Неспецифическая профилактика включает применение специальных защитных костюмов (для организованных контингентов) или приспособленной одежды, которая не должна допускать в ползания клещей через воротник и обшлага. Рубашка должна иметь длинные рукава. Заправляют рубашку в брюки, концы брюк в носки и сапоги. Голову и шею закрывают косынкой. Для защиты от клещей используют отпугивающие средства - репелленты, которыми обрабатывают открытые участки тела и одежду.